妙心寺の開基、花園法皇は大燈国師こと大徳寺の宗峰妙超禅師に参禅し、印可(弟子が悟りを得たことを師が認可すること)されました。妙心寺の開山、関山慧玄禅師も宗峰妙超禅師の法を嗣がれています。建武４年(1337)、宗峰妙超禅師は、病に伏し重態となられました。ご自身の没後には花園法皇の師とする禅僧に、弟子の関山慧玄禅師を推挙され、また、花園法皇が自らの離宮を禅寺とされるにあたり、その山号寺号を正法山妙心寺と命名されました。その年の12月22日、宗峰妙超禅師は亡くなられ、妙心寺ではこの建武四年を妙心寺開創の年としています。
花園法皇は、自らの離宮を玉鳳院とし、そこから関山慧玄禅師に参禅されました。そして暦応５年(1342)、花園法皇は仁和寺花園御所跡を関山慧玄禅師にまかせられ、妙心寺の寺基が定まりました。
貞和３年(1347)7月22日、花園法皇は妙心寺に寄せる熱い思いを「往年の宸翰」にしたためられ、翌貞和４年11月11日、世を去られます。五十二歳の生涯でした。
花園法皇が世を去られて三年、関山慧玄禅師は、雲水の指導に専念され、延文５年（1360）12月12日に玉鳳院の傍にある風水泉わきの老樹の下で亡くなられました。装いは行脚の旅姿であったと伝えられます。そして遺骸が開山堂微笑菴の地に葬られました。
やがて、妙心寺は、寺号を龍雲寺と改名されます。妙心寺の寺名が消えたのです。それは妙心寺開創50年を経た頃のことで、開山禅師没後わずか39年後のことでした。それより34年間のことは不明です。龍雲寺と名をかえた妙心寺は、永享４年（1432）春に尾張犬山の瑞泉寺から上京した日峰宗舜禅師が、荒れた開山塔の地を整え、ここに妙心寺の中興がなされました。
戦国期の妙心寺は、大きな転機を迎えました。妙心寺の境内地が今日のように広大になったのは、永正6年（1509）のことで、利貞尼という尼僧さんが、仁和寺領の土地を買い求め、妙心寺に寄進されたのでした。
やがて、広大な境内に七堂伽藍が建てられ、また塔頭も創建されていきました。とくに塔頭には龍泉菴、東海庵に加え、大永３年（1523）に聖澤院、大永６年（1526）には靈雲院が創建されました。これで四派四本庵による妙心寺の運営体制が確立しました。四派とは龍泉派・東海派・靈雲派・聖澤派をいいます。四本庵は龍泉菴・東海庵・靈雲院・聖澤院のことです。
明治元年（1868）、神仏分離令が発布されました。各地で廃仏毀釈が興り寺院の取り壊し、仏像、経典などが破棄され、妙心寺もその影響を受けました。一方この明治期には宗議会など、今日に至る妙心寺の運営体制の基礎が確立し、また妙心寺専門道場が設けられたり、今日の花園大学、花園高等学校の前身となる般若林が開設されています。
大正を経て昭和10年（1935）、妙心寺は開創六百年を迎えました。その後の昭和・平成・令和期の妙心寺は、開創七百年への歴史を刻む時代を迎えます。
この期には、禅の大衆化や教化活動の促進がはかられ、各地での坐禅会開催、「生活信条」や「信心のことば」の制定、「おかげさま運動」も活発になりました。
その他、この期には防災や諸堂の保存修理など文化保護の事業も進められました。
今日、勅使門、三門、仏殿、法堂、庫裏、開山堂、大方丈、小方丈、浴室、経蔵、塔頭天球院の玄関・方丈、衡梅院方丈、靈雲院書院などをはじめ多くの重要文化財の指定建造物。玉鳳院、東海庵、退蔵院、靈雲院、桂春院などの史跡・名勝指定の庭園などがよく保存されています。また、史跡・特別名勝の指定をうける龍安寺が、ユネスコ世界文化遺産に登録されました。
このように、妙心寺は関山禅の伝灯を堅持し、臨済宗最大の大本山として展開し、かつ美しい寺観を呈している禅寺です。